微波殺菌設備有效的保護食品中的維生素
微波有熱效應的快速升溫和非熱效應的雙重殺菌作用，相比常規熱力干燥、殺菌能在比較低的溫度和較短的時間就能獲得所需的干燥、殺菌效果。一般微波殺菌設備的殺菌溫度在65—70℃，75—80℃或103—121℃里，時間在3—8分鐘，且能保留更多的食品營養成分和色、香、味、形等風味。
微波電能轉換效率高，一般在70%以上。微波是直接對食品進行作用處理，加熱箱體本身不被加熱，因而不存在額外的熱能損耗，所以節能省電，一般可節電30—50%。微波食品干燥、微波殺菌設備操作簡單，便于控制，沒有熱慣性，能根據不同食品工藝規范要求進行處理，減少生產操作人員，降低生產成本。
微波殺菌設備是利用微波熱效應和生物效應共同作用。微波對細菌膜斷面的電位分布影響細胞膜周圍電子和離子濃度，從而改變細胞膜的通透性能，細菌因此營養不良，不能正常新陳代謝，生長發育受阻礙死亡。
在食品加工中，水果蔬菜類產品中的維生素是受保護的成分。有研究發現，微波對維生素的破壞比常規加工要小的很多。因此，微波殺菌設備工藝對水果蔬菜很合適，從維生素營養價值方面來衡量，微波加熱是高質量的。
1、維生素C
維生素C損失的主要原因是很容易被氧化。加熱是維生素C含量減少的主要原因，溫度越高，作用時間越長，維生素C損失越多。在加工過程中，高溫加熱時間越短，對保存維生素C越有利，微波殺菌設備加工比傳統方法加工的蔬菜中保存的維生素C多，其原因主要是微波加熱速度快，作用時間短。
2、維生素E
在微波輻射的作用下，植物油中的不飽和油脂酸、維生素E等不穩定成分會發生一定程度的變化，因而影響到植物油的品質。在不同的微波輻射時間下，植物油中維生素E的含量發生了顯著變化，但適宜的微波輻射強度能較好的保存食品中維生素E。
3、維生素B1，維生素B2，維生素B6和維生素A
維生素B1、維生素B2、維生素B6是B族維生素中對光和熱比較敏感的維生素，在加工過程中有不同程度的損失，維生素A對光和熱也很敏感，在高溫和有氧存在時，維生素A容易分解。微波殺菌設備對維生素B1、維生素B2、維生素B6無特別的影響，對維生素A存在輕微的破壞作用，但相對于傳統加工工藝來說影響小得多。