近年來微波殺菌設備是一種應用范圍很廣的滅菌設備，可在多種食品加工中應用，和傳統的滅菌方法相比，微波殺菌設備具有速度快、有利于保持食品的營養成分等優點。幾乎所有的食品體系都可以采用微波來進行殺菌，這是其它很多殺菌設備難以做到的。微波殺菌設備的機理普遍認為只有致熱效應。熱效應理論認為，由于微波具有高頻特性，因此，當它在介質內部起作用時，水、蛋白質、核酸等極性分子受到交變電場的作用而劇烈振蕩，相互摩擦產生“內熱”，從而導致溫度升高，使微生物內的蛋白質、核酸等分子結構改性或失活，這樣就會對微生物產生破壞作用。顯然，這種利用微波的熱力作用來殺滅微生物的解釋并不難理解。后期通過大量的專家學者的研究發現，微波殺菌設備的機理不僅只有致熱效應，還具有非熱效應。從生物物理角度來解釋微波的非熱滅菌機理較易為大多數人接受，其主要模型包括，細胞膜離子通道解釋模型。微波殺菌設備按照該學說，細胞與外界而進行的一系列復雜的生物化學過程是依靠細胞膜上電位差控制的，即膜電位的改變能開放或關閉與外界的通道。細菌處于如此高的頻率和強電場強度的微波場中，細胞膜電位很可能改變，其正常的生理活動功能也將改變，以致危及細菌的存活。